作为场外市场，新三板挂牌标准十分包容，由于挂牌公司在业绩和素质上参差不齐，无法整齐划一，而且这些公司大多具有多业态、规模小、高成长、高死亡率的特点，再加上信息披露要求不高，投资风险也较大，尤其是在挂牌公司达到一定数量（比方1万家）后，一方面，泥沙俱下的监管难度加大，另一方面，投资者选择难度及风险加大。因此，通过新三板分层，适度分类监管，有利于降低信息不对称风险，同时有利于降低市场监管成本。
事实上，从国外经验看，场外市场（OTC）分层有利于市场细分及投资者适当性管理，降低监管成本，提高监管效率。市场分层的过程，也是树立高层次企业规范与标杆的过程，它为低层次企业提供一个对标、榜样或追赶目标，这有利于充分发挥监管政策的导向作用。
成熟的场外市场（OTC）分层主要有两个依据：一是市值规模；二是信息披露要求。这两个分层标准实际上具有极强的相关性，在一个有效市场，市值规模是一个公司投资价值或市场价值的综合表达。市值规模相对较大的企业，都是投资者持续“用手投票”的必然结果，这样的企业也会拥有较规范的法人内部治理及财务结构，并且在信息披露质量上自我要求更高、更规范。比方，美国的OTC市场也区分为两大层次：一是OTCBB；二是普通OTC。我国新三板的创新层就相当于美国的OTCBB，而基础层则相当于它美国的普通OTC。OTCBB最初也经历了一个快速扩容阶段，而且颇具人气，其挂牌公司数量曾一度达到数千家，但后来由于OTCBB监管要求更高、信息披露更透明，被监管成本远高于普通OTC企业，因此，后来出现了大量OTCBB挂牌公司退出、重返普通OTC，目前OTCBB挂牌公司仅剩下数百家了。
新三板本次分层制度改革，主要在创新层准入条件的差异化标准中，调减净利润标准，提高营业收入标准，新增竞价市值标准，增加合格投资者人数要求，并将创新层持续挂牌条件改为以合法合规和基本财务要求为主。为此，本次分层以财务标准为核心，在创新层准入条件中设立了三套差异化财务标准，进入创新层的挂牌公司至少应符合其中一项标准：
（1）盈利能力标准。原来的规定为“最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元，最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%”。为扩大创新层对优质公司的覆盖面，将净利润由两年平均不低于2000万元降低到两年均不低于1000万元，净资产收益率由不低于10%降低到不低于8%；同时，为防止规模过小、经营不稳定的公司进入创新层，增加2000万元最低股本要求。
（2）公司成长性标准。原来的规定为“最近两年营业收入平均不低于4000万元，营业收入复合增长率不低于50%”；为防止收入规模过小，业绩波动较大的公司进入创新层，提升创新层公司质量，将两年营业收入平均值由不低于4000万元提高到不低于6000万元，同时保留营业收入复合增长率不变。
（3）市场认可度标准。原来的规定为“最近有成交的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元”，为与交易制度改革后的集合竞价交易方式相衔接，将“做市市值”修改为“做市市值或者竞价市值”。同时，考虑标准三没有盈利和收入要求，公司经营风险较大，对公司的净资产应有更高的标准，将股东权益不少于5000万元调整为股本不少于5000万元
